Kościół parafialny pierwotnie był kościołem klasztornym. Jego budowę, pod koniec XIII wieku rozpoczęli cystersi, a zakończyli w drugiej połowie XIV w. Wsparcie finansowe uzyskali od księcia opolskiego Bolka I i jego syna Alberta Strzeleckiego, który był największym dobrodziejem klasztoru w początkowych latach jego istnienia. Kościół od chwili powstania miał za patronów Najświętszą Marię Pannę i św. Jakuba Starszego. Pierwotnie wezwanie Najświętszej Marii Panny zastąpiono Wniebowzięciem Najświętszej Marii Panny. Dokładnie nie wiadomo, czy zmiana ta nastąpiła, bo być może kościół od początku był pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Wiemy na pewno, że po wielkim pożarze kościoła w 1733r. świątynia była pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Świadczy o tym obraz w ołtarzu głównym, na którym malarz Georg Neunhertz przedstawił moment wniebowzięcia Matki Boskiej. Patronat Najświętszej Marii Panny był typowy dla Zakonu Cysterskiego, natomiast patronat św. Jakuba był znakiem łączności kościoła klasztornego z kościołem parafialnym Wszystkich Świętych, który był w posiadaniu patronatu św. Jakuba zanim do Jemielnicy przybyli cystersi. Zakonnicy, zanim wybudowali swój kościół, korzystali z kościoła parafialnego pw. św. Jakuba. Po wybudowaniu swojej świątyni przenieśli patronat św. Jakuba na kościół klasztorny. Kościół parafialny został w ten sposób bez swojego patrona i dlatego w 1477r. nadano mu nowe wezwanie: Wszystkich Świętych.
Kościół klasztorny, głównie za sprawą pożarów był kilka razy budowany, przebudowany i rozbudowywany. Wielokrotnie był też dewastowany i grabiony, przeważnie przez obce wojska w okresach wojen, jakie nawiedziły ziemię śląską. Wielkie nieszczęścia spadły na kościół w 1428 lub 1430r. podczas wojen husyckich i w 1617r. w czasie wielkiego pożaru oraz w okresie wojny trzydziestoletniej (1618-1648), kiedy to kościół był wielokrotnie plądrowany i ograbiany. Po pożarze, mimo wielu przeciwności, kościół został stopniowo odbudowany. Jeszcze w czasie wojny trzydziestoletniej w 1631r., za opata Marcina Versiusa, wybudowano w prezbiterium przed ołtarzem głównym chór dla mnichów, gdzie odbywała się modlitwa chórowa całego konwentu. W tym czasie brat Sebastian wykonał ambonę z pięknymi obrazami pasyjnymi. W 1648r. opat Mateusz Schlegel zlecił pomalowanie wielkiego ołtarza farba koloru orzechowego i pozłoceniu figur znajdujących się w tym ołtarzu. W drugiej połowie XVII wieku, za opata Kaspra Bartłomieja, upiększono starą kaplicę ołtarzem i malowidłami, ufundowano lampę ze srebra i zbudowano wieżyczkę na dachu kościelnym. Za rządów opata Eugeniusza Lengi wyburzono wschodnią część nawy bocznej św. Józefa, a na jej miejscu w 1714r. wybudowano kaplicę św. Józefa wraz z kryptą grobową. W tej kaplicy w dniu 13 lipca 1739r. opat Ludwik Herde poświęcił trzy ołtarze: główny i dwa boczne. W dniu 13 kwietnia 1733r. kościół klasztorny został strawiony przez pożar. Opat Ludwik Herde po chwilowym szoku zabrał się za odbudowę spalonego kościoła i klasztoru. Udało mu się uzyskać wsparcie finansowe ze strony opactw cysterskich na Śląsku, w Czechach i Austrii. Wsparcia udzielił też biskup wrocławski i okoliczna szlachta, która przekazała m.in. drewno ze swoich lasów tak potrzebne w trakcie budowy. Szczególnie cenna okazała się pomoc opata Inocenza z Krzeszowa, który przekazał na rzecz zakonników odzież i 25 dukatów. Pozostałe klasztory śląskich cystersów przekazały 100 dukatów. W sumie zebrano 5458 talarów. Odbudową kościoła, na prośbę opata Ludwika Herde, kierował architekt i mistrz murarski Georg Friedrich Gans z Krnova. Do pomocy miłą 8 swoich murarzy. Prace wstępne przy odbudowie kościoła rozpoczęto już 11 maja 1733r. Z pogorzeliska usunięto gruz, z tym że zachowano jednak część murów. Zburzono gotyckie sklepienie nad prezbiterium, bo obawiano się, że pożar uszkodził je na tyle, że może się w każdej chwili zawalić. Następnie przystąpiono do wznoszenia murów. Pracowano bardzo intensywnie, bo chciano jak najszybciej przykryć budynek dachem. Wykonaniem dachu i położeniem gontów zajął się mistrz ciesielski z Nysy. Do prac tynkarskich i zdobniczych przystąpiono dopiero po tym, jak wykonano dach. Kościół został odbudowany w 1734r. w rozmiarach sprzed pożaru, czyli do miejsca, gdzie obecnie znajduje się ambona. W dniu 12 września 1734r. opat Ludwik Herde odprawił po raz pierwszy w nowo wybudowany, kościele mszę św. pontyfikalną. W jej trakcie poświęcił kościół. Konsekracja z udziałem arcybiskupa Eliasa Daniela von Sommerfeld miała miejsce 24 lipca 1737r. Podczas tej uroczystości arcybiskup von Sommerfeld złożył w ołtarzu relikwie świętych męczenników: Amantiusa, Piusa, Innocentiusa i Mansvetusa, oraz wydał czterdziestodniowy przywilej odpustowy, przypadający w niedzielę przed uroczystością św. Apostołów Szymona i Judy Tadeusza. Ołtarz główny, który zamówiono w Niemodlinie w warsztacie Michaela Kösslera za 466 talarów i 20 groszy, został sprowadzony do Jemielnicy 4 października 1734r. W tym dniu sprowadzono również organy z Trzebnicy. Obraz umieszczony w centrum ołtarza, przestawiający Wniebowzięcie NMP, namalował Georg Wilhelm Neunhertz za 133 talary i 10 groszy. Fundatorem obrazu był Innocenz z Krzeszowa. Ołtarz główny został poświęcony 12 października 1734r. (niektóre źródła podają datę 2 października). Dwa dni później w kościele po raz pierwszy zagrały organy sprowadzone z Trzebnicy. Ich dźwięk uświetniła uroczystość poświęcenia obrazu Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, która miała miejsce podczas mszy św. Również tego dnia, w nowo wybudowanym chórze, w prezbiterium kościoła, zakonnicy odprawili po raz pierwszy nieszpory.
Rozbudowę kościoła od ambony planowano zacząć około św. Piotra i Pawła 1736r. jednak na przeszkodzie stanęły bardzo silne ulewy. Piec do wypalania cegły został zalany wodą i zawalił się. Wypalone wapno w piecu wapienniczym uległo zniszczeniu. Prace przy rozbudowie kościoła i budowie wieży kościelnej rozpoczęto dopiero 24 kwietnia 1738r. Mistrz murarski wycenił prace na 2000 talarów (koszt ostateczny 1600 talarów). Jako zaliczkę otrzymał 100 dukatów. Podczas łagodnej zimy na przełomie 1738 i 1739r. zwożono kamienie na budowę, a po kazaniach nawoływano ludzi do świadczenia pomocy. W marcu 1739r. nadal zwożono kamienie i lasowano wapno. W październiku 1739r. mury były już ukończone, a w grudniu dach kościoła był już pokryty gontem. W 1740r. od kwietnia kontynuowano budowę wieży. Ostatecznie prace przy wieży zakończono w październiku, kiedy to osadzono na niej kopułę z krzyżem. Prace zostały przerwane w grudniu 1740r. z powodu wkroczenia na Śląsk wojsk pruskich. Poświęcenie kościoła po rozbudowie przesunęło się w czasie. Dopiero w dniu Święta Wniebowzięcia NMP, 15 sierpnia 1744r., rozbudowany kościół został ponownie poświęcony. Przez następne lata doposażano świątynię od wewnątrz i na zewnątrz. W 1747r. na wieży kościelnej umieszczono zegar wykonany przez zegarmistrza Imiolę. W drugiej połowie XVIII wieku wyposażono kościół w jedenaście ołtarzy bocznych wykonanych w Opawie przez rzeźbiarza Johannna Georga Lehnera. Sześć z nich zostało wykonanych w 1763r. W 1766r. mistrz malarski Anton Ernst Beyer z Opawy za 1000 guldenów wykonał nowe ozdoby w ołtarzu głównym oraz inne w ołtarzach bocznych. W 1771r. pokryto dach wieży kościelnej blachą, a w 1777r. zakupiono w Brzegu nowe organy, które sprowadzono do kościoła i zamontowano na chórze. W tym roku zakupiono też 18 dużych obrazów.
W 1796r. młynarz Hübner z młyna zegarnikowego naprawił zegar wieży kościelnej. Opat Eugeniusz Staniczka na utrzymanie zegara przeznaczył odsetki z fundacji w wysokości 1000 florenów. W 1856r. ks. prob. Grzeszka otrzymał zakaz wydawania odsetek na jego utrzymanie (remont, naciąganie) i musiał poszukać innej formy jego finansowania. W 1801r. dekarz Kaulhus z Legnicy pokrył blachą miedziana dach wieży kościelnej. W następnym roku pokrył zwykłą blachą, którą kupiono w hucie w Ozimku, dach kaplicy św. Józefa i wieżyczkę na szczycie kościoła. W 1812r. kościół klasztorny został podniesiony do rangi kościoła parafialnego, a dawny kościół parafialny został świątynią cmentarną. Pierwszym proboszczem po sekularyzacji klasztoru cysterskiego został ks. prałat Eugenius Staniczka. W 1817r. dach kościoła parafialnego został pokryty nowym gontem. Koszt inwestycji wynosił ponad 400 talarów. W latach 1835-1836 kościół był kilka razy okradany, m.in. skradziono aureolę Matki Boskiej z obrazu św. Józefa, która razem z małą srebrną lampą została wykonana w Raciborzu w 1739r. Powodem wszystkich włamań według proboszcza, ks. Jukundina Pientka, był zły stan okien.
W 1851r. dach kościoła pokryto nowym gontem, przy czym zrobiono to nieudolnie, ponieważ pod nową pokrywą pozostawiono stary zbutwiały gont. W 1867r. na dachach naw bocznych ułożono łupek a w oknach kościoła zamontowano witraże. W 1874r. na placu kościelnym ustawiono kamienny krzyż.
W okresie Kulturkampfu (walki o kulturę) państwo pruskie utrudniało pracę kapłanów. To jednak nie odstraszyło duszpasterzy przed posługą parafii. W tym czasie wielu wiernych ze Strzelec Wielkich przychodziło na msze św. i nabożeństwa do kościoła w Jemielnicy.
Za czasów ks. Lampke (1838-1880) zakupiono nową Drogę Krzyżową, którą zawieszono w kościele na ścianach naw bocznych. W 1911r. kościół został otynkowany na zewnątrz. W latach 1927-1930, ks. Sylwester Bacia zlecił gruntowne prace renowacyjne w kościele. Ołtarze odrestaurował mistrz malarski Hugo Hesse z Wrocławia. Po II wojnie światowej, za czasów ks. Bernharda Kudleka, kościół został odnowiony i wyremontowany. Wtedy wykonano malowanie wnętrza świątyni, położono nowe tynki na zewnętrznych ścianach kościoła i wieży, wykonano prace blacharskie na kopule wieży i odrestaurowano znajdujący się na niej krzyż. Po otwarciu kuli umieszczonej pod krzyżem, znaleziono w niej stare dokumenty, które były częściowo zniszczone. Po remoncie kuli dokumenty wróciły na swoje miejsce, dodatkowo włożono do niej ówczesne banknoty i opis parafii. W 1957r. na wieży kościelnej zamontowano pięć nowych dzwonów, które zostały odlane w hucie Mała Panew w Ozimku. W tym samym roku z ołtarzy bocznych usunięto figury maryjne, które tam umieścił ks. Kazimierz Korfanty. Ks. Kudlek polecił przenieść je do naw bocznych kościoła. W 1976r. kościół wyposażono w nowe drzwi wejściowe przy wejściu głównym i nawie bocznej. Drzwi zostały wykonane z drewna dębowego przez stolarzy Huberta Hajduka i Pawła Sowę. Drewno na drzwi ofiarował rolnik Kazik z Bokowego. Na początku lat 80. XX w. w budynku kościoła zamontowano ogrzewanie. W 1993r. kościół został pomalowany od wewnątrz przez firmę malarską Huberta Plocha. Wymieniono też posadzkę w przedsionku. Wszystkie prace zostały wykonane za zgodą konserwatora zabytków. Przy okazji prac malarskich okazało się, że wyposażenie kościoła domaga się pilnych prac renowacyjnych. W 1993r. rozpoczęto prace konserwatorskie przy ołtarzach i ruchomym wyposażeniu świątyni. Odrestaurowaniem ołtarzy bocznych św. Benedykta i św. Bernarda, chrzcielnicy i paschału zajęła się Elżbieta Barbara Kowalczyk, pracownik Muzeum Diecezjalnego w Opolu. Obrazy „Śmierć św. Józefa” i „Ukrzyżowanie” z kościoła Wszystkich Świętych odrestaurowała jej siostra, Krystyna Brzozowska.
W trakcie prac konserwatorskich borykano się z trudnościami przy zakupie farb i innych potrzebnych materiałów. W tych trudnych momentach swoją pomoc zaoferowała Klaudia Knapi, mieszkająca na stałe w Niemczech, która postarała się o tak potrzebne przy renowacji materiały jak złoto i srebro. Oprócz niej pomocną dłoń wyciągnęła Urszula Dembonczyk-Czingon zwracając się z prośbą o pomoc do posła Helmuta Paździora, który w krótkich czasie załatwił środki finansowe w niemieckim Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. Po uzyskaniu funduszy i zgody konserwatora zabytków, przystąpiono do prac konserwatorskich przy ołtarzach bocznych św. Rodziny (kaplica św. Józefa), Adoracji Najświętszej Marii Panny, św. Jadwigi i Matki Bożej z Dzieciątkiem. Dokumentację konserwatorską przygotował prof. Józef Flik z Torunia, a prace renowacyjne wykonali Aleksandra i Edgar Pillowie z Torunia. Pracę nad następnymi ołtarzami i figurami prowadzili Barbara i Krzysztof Lis z Wrocławia – ołtarz „Ukrzyżowanie” w kaplicy św. Józefa, Leszek Niziński z Głogówka – figura Ecco Homo, Danuta Drabik i Ryszard Wójtowicz z Wrocławia – scena „Ukrzyżowania” pod chórem, figura „Matki Bożej Fatimskiej” i „Serca Pana Jezusa”. Prace konserwatorskie nad ołtarzem św. Barbary i jego bocznymi figurami sfinansowali po części Grzegorz i Gizela Pyka oraz górnicy.
W latach 1994-1996 cały kościół wraz z wieżą i kaplicą św. Józefa został na zewnątrz od nowa otynkowany. Prace wykonała firma budowlana Piotra Kalli z Piotrówki. Przy okazji przeprowadzono prace remontowe przy dachu kościoła oraz wykonano oświetlenie świątyni. W kościele i na plebanii wymieniono okna i drzwi, wyremontowano organy, zakupiono nagłośnienie bezprzewodowe i żyrandole, w zakrystii i przedsionku wymieniono posadzkę. Stare piece ogrzewania zastąpiono nowymi. Przebudowano kanalizację burzową, wykonano prawidłową wentylację kaplicy św. Józefa oraz zamontowano instalację antywłamaniową. W ostatnich latach proboszcz Henryk Pichen wyposażył świątynie parafialne w kielichy mszalne, puszki na komunikanty i naczynia liturgiczne oraz mszał i księgi obrządkowe w języku polskim i niemieckim. Ministranci otrzymali nowe stroje w różnych kolorach, które uszyła Maria Płaczek.
W 2001r. powstał komitet ds. ratowania ołtarza głównego. W jego składa weszli: ks. prob. Henryk Pichen, Ryszard Nocoń, Grzegorz Pyka, Ernst Jelito, Roman Kolek, Joachim Jelito, Herbert Pyka, Józef Swaczyna i Norbert Jaskóła. Komitet w krótkim czasie postarał się o fundusze na konserwację ołtarza. Renowację przeprowadzili konserwatorzy z Torunia: Aleksandra i Edgar Pill. Po nich, w 2004r. do pracy w prezbiterium przystąpili konserwatorzy Danuta i Ryszard Wójtowiczowie z Wrocławia, którzy odnowili dwa duże obrazy. W 2004r. świątynia została odmalowana przez firmę budowlaną Piotra Kalli z Piotrówki. W tym też czasie dach kaplicy św. Józefa pokryto blachą miedzianą. Prace remontowe prowadziła firma dekarska Krystiana Augustyna z Wierchlesia.
W ostatnich latach w kościele organizowane były koncerty w trakcie których można było posłuchać solistów, zespołów muzycznych i orkiestry. W 2001r. ze swoim koncertem wystąpiła orkiestra Symphonia Rusticana z Naczęsławic pod kierunkiem ks. Jerzego Kowolika. Dnia 18 styczni 2002r. koncert kolęd wykonał Zespół Pieśni i Tańca Śląsk. 15 grudnia 2004r. w kościele zaśpiewała Eleni z zespołem. Sponsorami tych dwóch ostatnich koncertów było małżeństwo Grzegorz i Gizela Pyka. Dochody z koncertów zostały przekazane na remont ołtarza głównego.
Pierwotny kościół został wzniesiony z kamieni łamanych różnej wielkości, w stylu gotyckim, o czym świadczy najstarsza część obecnego kościoła, tj. wieloboczne prezbiterium i trzy wschodnie przęsła naw bocznych ze sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Obecny kościół jest orientowany, murowany z kamienia łamanego i cegły oraz otynkowany. Można w nim wyróżnić dwa style architektoniczne: w starszej części gotycki, a w nowszej barokowy. Kościół ma kształt trójnawowej bazyliki bez transeptu, z prezbiterium i nawami bocznymi. Jego wnętrze zostało podzielone międzynawowymi arkadami. Świątynia jest przykryta sklepieniem krzyżowo-żebrowym i częściowo barokowym sklepieniem kolebkowo-krzyżowym z lunetami. Kościelna wieża z hełmem baniastym i ośmioboczną latarnią ma 54 metry wysokości. Wnętrze świątyni jest bogato wyposażone w liczne ołtarze, obrazy i figury.
Wschodnią część nawy głównej zajmuje prezbiterium. Najważniejszym elementem wyposażenia prezbiterium, jak i całej świątyni, jest ołtarz główny o wysokości 16 metrów i szerokości 10 metrów. Został wybudowany w 1734 r. w warsztacie Michaela Kösslera w Niemodlinie. Ołtarz posiada dwie kondygnacje i szczyt (zwieńczenie). Patrząc od góry, w centralnej części szczytu umieszczono figurę Archanioła Michała, a po jej bokach z obydwu stron po dwa aniołki. Poniżej szczytu na drugiej kondygnacji, w centralnej części umieszczono figuralne przedstawienie Trójcy Świętej. Po bokach wizerunku Trójcy Świętej z obydwu stron znajdują się po dwie kolumny. Poniżej kolumn usytuowano z każdej strony jednego klęczącego anioła. Po bokach aniołów na cokołach umieszczono dwie figury świętych: po prawej stronie św. Stanisława ze Szczepanowa (niektórzy twierdzą, że św. Mikołaja) a po lewej stronie św. Floriana. W centralnej części pierwszej kondygnacji umieszczono obraz przedstawiający moment Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Nad nim znajduje się herb opata Ludwika Herde. Po bokach obrazu umieszczono duże figury świętych: po prawej figurę św. Jadwigi Śląskiej a po lewej figurę św. Jakuba Starszego. Między kolumnami, w bocznych polach umieszczono figury dwóch świętych: po prawej św. Bernarda, a po lewej św. Benedykta (w niektórych opracowaniach figuruje jako niezidentyfikowany). Na pierwszej kondygnacji, oprócz wymienionych elementów, umieszczono jeszcze sześć kolumn, po trzy z każdej strony obrazu. Poniżej obrazu znajduje się tabernakulum. W jego zwieńczeniu umieszczono figurę św. Józefa z Dzieciątkiem na rękach. Pierwotnie nad tabernakulum nie było tej figury, prawdopodobnie stała się w innym miejscu kościoła i być może została tu umieszczona przez zatroskanego mnicha. Poza tym zasadniczo żaden przedmiot nie powinien zasłaniać obrazu. Po bokach tabernakulum znajdują się figury dwóch aniołów.
Na bocznych ścianach prezbiterium zawieszono dwa duże obrazy, po prawej wizerunek św. Bernarda, a po lewej wizerunek św. Benedykta. Poniżej obrazów znajdują się barokowe stalle chóru cysterskiego z 1734r.
W nawie głównej, pośrodku kościoła po lewej stronie umieszczono ambonę z bogatą dekoracją o motywie akantu i wieńców kwiatowych z lat 1648-1655. Na styku nawy głównej i wieży umieszczono nadwieszony chór muzyczny z połowy XVIII w. W chórze znajdują się przepiękne organy z 1777r. z obrazem św. Cecylii. W górnej części nawy głównej, po obydwu stronach, zawieszono większe i mniejsze obrazy, wśród których wyróżnia się sześć obrazów z cyklu maryjnego.
Nawa główna jest otwarta do naw bocznych arkadami filarowymi. Przy filarach umieszczono jedenaście ołtarzy bocznych. Twórcą sześciu rokokowych ołtarzy bocznych, datowanych na 1763 r. był architekt i rzeźbiarz Johann Georg Lehner z Opawy (Troppau). Pozostałe pięć ołtarzy prawdopodobnie wykonał również ten sam artysta.
Po lewej stronie nawy głównej znajdują się: przy prezbiterium ołtarz regencyjny z ok. 1740 r. z obrazem św. Benedykta z rzeźbami św. Piotra i św. Pawła. Przy pierwszym filarze ołtarz rokokowy z 1763r. J. G. Lehnera z obrazem św. Jadwigi, autorstwa Michaela Willmanna z drugiej połowy XVII w. i z rzeźbami św. Tekli i św. Otylii. Przy drugim filarze ołtarz rokokowy z 1763r. J. G. Lehnera z obrazem św. Jakuba Apostoła, autorstwa Michaela Willmanna z drugiej połowy XVII w. i z rzeźbami św. Andrzeja i św. Judy Tadeusza. Przy trzecim filarze ołtarz rokokowy z 1767r. J. G. Lehnera z obrazem św. Walentego z rzeźbami św. Kazimierza Królewicza i św. Wacława. Przy czwartym filarze ołtarz z obrazem św. Sebastiana (wotum dziękczynne parafian z Gąsiorowic za ustąpienie zarazy) z rzeźbami św. Rocha i św. Augustyna. Przy piątym filarze rzeźba Chrystusa Ecce Homo autorstwa Jana Melchiora Östereicha z ok. 1740r.
Po prawej stronie nawy głównej znajdują się: przy prezbiterium ołtarz regencyjny z ok. 1740r. z obrazem św. Bernarda z rzeźbami św. Romualda i św. Benedykta. Przy pierwszym filarze ołtarz rokokowy z 1763r. J. G. Lehnera z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem z rzeźbami św. Łucji i św. Doroty. Przy drugim filarze ołtarz rokokowy z 1763r. J. G. Lehnera z obrazem św. Nepomucyna z rzeźbami Archaniołów Gabriela i Rafała. Przy czwartym filarze ołtarz z obrazem św. Floriana z rzeźbami św. Mikołaja i św. Urbana. Przy piątym filarze ołtarz z obrazem św. Antoniego z rzeźbami św. Franciszka z Asyżu i św. Franciszka Salezego. W nawie południowej, zwanej Najświętszej Marii Panny, w jej wschodniej części umieszczono ołtarz z obrazem Matki Boskiej autorstwa Michaela Steinzera z ok. 1781r. i figurami św. Joachima i św. Anny.
W przedłużeniu nawy północnej, zwanej św. Józefa znajduje się barokowa kaplica św. Józefa. Kaplica została wzniesiona na planie owalnym. Jej dach ma kształt kopuły i dawniej był kryty gontem, potem blachą zwykłą a obecnie blachą miedzianą. Do kaplicy od strony nawy św. Józefa prowadzi otwarte wejście arkadowe zamknięte półkoliście. Wewnątrz kaplicy znajduje się sklepienie kopulaste pokryte iluzjonistyczną polichromią wykonaną w 1756r. przez Johanna Wolfa z Krnova. W centralnej części polichromii artysta umieścił św. Józefa z Dzieciątkiem w otoczeniu aniołów a nad nim Boga Ojca i Ducha Świętego. W dolnej części sklepienia na tle krajobrazu i architektury umieścił przedstawicieli wszystkich stanów i narodowości, m.in. Bractwo św. Józefa i cystersów jemielnickich na tle opactwa, Józefa Egipskiego jak przyjmuje braci i jak dzieli zboże, które zgromadził w magazynach w czasach dobrego urodzaju.
W kaplicy św. Józefa znajdują się trzy ołtarze: główny z obrazem Świętej Rodziny autorstwa Michaela Willmanna (1630-1706), po bokach umieszczono dwie figury: po prawej św. Jana Ewangelistę a po lewej św. Jana Chrzciciela oraz z tabernakulum z płaskorzeźbą Jezusa Chrystusa w Emaus na drzwiczkach. Po obydwu stronach ołtarza głównego znajdują się dwa ołtarze boczne: ołtarz św. Barbary z obrazem św. Barbary – patronki górników, nad którym umieszczono drugi obraz, z wizerunkiem Matki Boskiej z Duchem Świętym i ołtarz Grupy Ukrzyżowania na tle malowidła przedstawiającego Jerozolimę z przełomu XVII/XVIII w.
Pod kaplicą znajduje się krypta grobowa zakonników cysterskich. Pod koniec stycznia 1945r. krypta została zdewastowana przez żołnierzy radzieckich, którzy szukali tu kosztowności. Obecnie krypta jest uporządkowana i udostępniana zwiedzającym 1 maja, w czasie dnia patronalnego Bractwa św. Józefa. W krypcie złożonych jest ok. 40 trumien, na których widnieją imiona i nazwiska zmarłych, daty urodzin, święceń i śmierci oraz miejsca pochodzenia.
W kościele znajdują się jeszcze trzy krzyże rokokowe w ołtarzach pochodzące z końca XVIII w. Jeden z nich z 1794r. został wykonany przez Andreasa Kurdę.
Niektóre spośród obrazów wykonał Michael Willmann. W czasach, gdy po pożarze wyposażono odbudowany kościół, malarz już dawno nie żył, gdyż zmarł w 1706r. W takim razie obrazy nie były malowane na zamówienie, tylko zostały podarowane lub zakupione.
W kościele niegdyś znajdowała się rzeźba św. Sebastiana datowana na drugą połowę XV w. Według znawców wykonana została przez tzw. Szkołę Wita Stwosza. Rzeźba obecnie znajduje się w Muzeum Diecezjalnym w Opolu. W świątyni znajdowała się także drewniana figurka Matki Boskiej z Dzieciątkiem z 1450r. Niestety została skradziona w latach 70. XX wieku. Jej wierną kopię odtworzono na podstawie zachowanych zdjęć.
Monumentalna świątynia zbudowana w stylu gotycko-barokowym wyłania się jakby góra (kościół) pośród małych wzniesień (domy wokół świątyni). Kościół parafialny po latach i renowacji stał się jednym z piękniejszych w regionie.
Źródło: P. Smykała, P. Michalik, Jemielnica - dzieje wsi i parafii, Wydawnictwo MS, Opole, Jemielnica 2014
